2008年新企业所得税实施以来，总局陆续出台了与企业所得税法和实施条例配套相关政策，对有关政策的具体规定进行了进一步明确，税务部门通过各种渠道及时进行宣传解读，2009年以来，特别是4月出台了许多所得税管理方面的规定，主要的以下几个方面：
（一）税收优惠方面
1、对高新技术企业所得税优惠的实施提出要求
总局国税函[2009]203号对有关问题通知如下：
一是规定可在预缴时就享受税收优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，可持 “高新技术企业证书”及其复印件和有关资料，向主管税务机关申请办理减免税手续。可按15%的税率进行所得税预缴申报或享受过渡性税收优惠。
二是规定企业备案要求。纳税年度终了后至报送年度纳税申报表以前，已办理减免税手续的企业应向主管税务机关备案以下资料：产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围的说明；企业年度研究开发费用结构明细表（见附件）； 企业当年高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例说明； 企业具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的比例说明、研发人员占企业当年职工总数的比例说明。以上资料的计算、填报口径参照《高新技术企业认定管理工作指引》的有关规定执行。
三是提出加强税收优惠的监督管理要求。高新技术企业，在实际实施有关税收优惠的当年，减免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告；不再符合减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务；未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构复核。复核期间，可暂停企业享受减免税优惠。未取得高新技术企业资格、或虽取得高新技术企业资格但不符合企业所得税法及实施条例以及本通知有关规定条件的企业，不得享受高新技术企业的优惠；已享受优惠的，应追缴其已减免的企业所得税税款。
三是对原依法享受企业所得税定期减免税优惠进一步 进行明确。原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满同时符合规定条件的高新技术企业，在按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业资格证书之后，可以在2008年1月1日后，享受对尚未到期的定期减免税优惠执行到期满的过渡政策。
对2006年1月1日至2007年3月16日期间成立，截止到2007年底仍未获利（弥补完以前年度亏损后应纳税所得额为零）的高新技术企业，按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业证书后，可依据企业所得税法第五十七条的规定，免税期限自2008年1月1日起计算。
2、企业可叠加享受的税收优惠
新的企业所得税法已经实施一年有余，针对实施过程中出现的一些问题，财政部日前发文进行阐释；其中最为引人瞩目的是，企业所得税法及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受。
此前，国务院2007年下发的39号文件中对过渡期间的税收优惠安排作出了规定。原享受15%税率的企业，在接下来的五年中按照18%、20%、22%、24%和25%的税率逐步过渡到法定的25%的税率，对于享受24%优惠税率的企业，在2008年一步到位过渡到25%的税率。其第三条规定“企业所得税过渡优惠政策与新税法及实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变”。对此，各级在理解上存在着差异，此次下发的《通知》表示，对所称不得叠加享受的税收优惠情形进行明确，是仅限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。企业所得税法及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受各项税收优惠。
3、核定征收企业暂不适用小型微利企业适用税率
2008年我省在所得税预缴过程中明确核定征收企业不得享受小型微利税收优惠，但总局的各项培训及媒体宣传时都认为可以享受，且部分地区的税务部门在执行中已享受了优惠，省局在布置2008年所得税汇缴时，由于总局没有明确规定，也同意暂享受。但09年4 月24日财政部 国家税务总局《关于执行企业所得税优惠政策若干问题》的通知（财税〔2009〕69号 ）对此进一步进行明确，对企业所得税法第二十八条规定的小型微利企业待遇，应适用于具备建账核算自身应纳税所得额条件的企业，按照《企业所得税核定征收办法》（国税发〔2008〕30号）缴纳企业所得税的企业，在不具备准确核算应纳税所得额条件前，暂不适用小型微利企业适用税率。
4、企业安置残疾人员就业可享更多所得税优惠
最新有关企业安置残疾人员就业可享受的企业所得税优惠政策已于近日公布，根据新颁布实施的企业所得税法及其实施条例，企业安置残疾人员就业可享更多税收优惠。
财政部和国家税务总局日前联合发布了《关于安置残疾人员就业有关企业所得税优惠政策问题的通知》，明确企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100％加计扣除。
此外，企业就支付给残疾职工的工资，在进行企业所得税预缴申报时，允许据实计算扣除；在年度终了进行企业所得税年度申报和汇算清缴时，再依照上述规定计算加计扣除。
根据通知，企业享受安置残疾职工工资100％加计扣除应同时具备如下条件：
—依法与安置的每位残疾人签订了1年以上（含1年）的劳动合同或服务协议，并且安置的每位残疾人在企业实际上岗工作。
—为安置的每位残疾人按月足额缴纳了企业所在区县人民政府根据国家政策规定的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和工伤保险等社会保险。
—定期通过银行等金融机构向安置的每位残疾人实际支付了不低于企业所在区县适用的经省级人民政府批准的最低工资标准的工资。
—具备安置残疾人上岗工作的基本设施。
通知指出，残疾人员的范围适用《中华人民共和国残疾人保障法》的有关规定。新优惠政策自2008年1月1日起执行。
5、对企业固定资产加速折旧提出处理意见
国税发[2009]81号就企业固定资产实行加速折旧的所得税处理问题进行明确：
一是明确适用条件。企业拥有并用于生产经营的主要或关键的固定资产，由于技术进步，产品更新换代较快的或常年处于强震动、高腐蚀状态的,确需加速折旧的，可以缩短折旧年限或者采取加速折旧的方法。
二是明确处理方法。企业过去没有使用过与该项固定资产功能相同或类似的固定资产，但有充分的证据证明该固定资产的预计使用年限短于《实施条例》规定的计算折旧最低年限的，企业可根据该固定资产的预计使用年限和本通知的规定，对该固定资产采取缩短折旧年限或者加速折旧的方法；企业在原有的固定资产未达到《实施条例》规定的最低折旧年限前，使用功能相同或类似的新固定资产替代旧固定资产的，企业可根据旧固定资产的实际使用年限和本通知的规定，对新替代的固定资产采取缩短折旧年限或者加速折旧的方法。
三是明确最低折旧年限。企业采取缩短折旧年限方法的，对其购置的新固定资产，最低折旧年限不得低于《实施条例》第六十条规定的折旧年限的60％；若为购置已使用过的固定资产，其最低折旧年限不得低于《实施条例》规定的最低折旧年限减去已使用年限后剩余年限的60%。最低折旧年限一经确定，一般不得变更。
四是明确加速折旧的方法。可以采用双倍余额递减法或者年数总和法。加速折旧方法一经确定，一般不得变更。
五是明确备案要求。企业确需对固定资产采取缩短折旧年限或者加速折旧方法的，应在取得该固定资产后一个月内，向其企业所得税主管税务机关（以下简称主管税务机关）备案，并报送以下资料：
1、固定资产的功能、预计使用年限短于《实施条例》规定计算折旧的最低年限的理由、证明资料及有关情况的说明；
2、被替代的旧固定资产的功能、使用及处置等情况的说明；
3、固定资产加速折旧拟采用的方法和折旧额的说明；
4、主管税务机关要求报送的其他资料。
（二）税前扣除方面
1、企业资产损失税前扣除政策明确
财政部4月27日公布的《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》明确，包括股权投资损失在内的企业资产损失，可在计算企业所得税应纳税所得额时扣除。通知自2008年1月1日起执行。
资产损失是指企业在生产经营活动中实际发生的、与取得应税收入有关的资产损失，包括现金损失，存款损失，坏账损失，贷款损失，股权投资损失，固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
根据通知，企业的股权投资，如果被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已连续停止经营3年以上，且无重新恢复经营改组计划的，减除可收回金额后确认的无法收回的股权投资，可以作为股权投资损失在计算应纳税所得额时扣除。
此外，企业将货币性资金存入法定具有吸收存款职能的机构，因该机构依法破产、清算，或者政府责令停业、关闭等原因，确实不能收回的部分，作为存款损失在计算应纳税所得额时扣除。企业除贷款类债权外的应收、预付账款，减除可收回金额后确认的无法收回的款项，可以作为坏账损失在计算应纳税所得额时扣除。
通知指出，企业在计算应纳税所得额时已经扣除的资产损失，在以后纳税年度全部或者部分收回时，其收回部分应当作为收入计入收回当期的应纳税所得额。此外，企业境内、境外营业机构发生的资产损失应分开核算，对境外营业机构由于发生资产损失而产生的亏损，不得在计算境内应纳税所得额时扣除。
2、国家税务总局明确企业手续费和佣金税前扣除规定
为规范企业所得税税前扣除，加强企业所得税管理，近日国家税务总局下发了《关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税[2009]29号）文件，对企业发生的手续费及佣金支出税前扣除政策问题做出具体规定。
文件规定，企业发生与生产经营有关的手续费及佣金支出，财产保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后余额的15%（含本数，下同）以内；人身保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后余额的10%以内；一般企业按协议或合同确认的收入金额的5%以内的准予扣除，超过部分，不得扣除。
文件还规定，除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。企业不得将手续费及佣金支出计入回扣、业务提成、返利、进场费等费用。
3、国家税务总局明确企业搬迁的企业所得税规定
近日，国家税务总局下发《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]118号）文件，对企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题做出明确规定。
文件指出，企业政策性搬迁和处置收入，是指因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因，企业需要整体搬迁（包括部分搬迁或部分拆除）或处置相关资产而按规定标准从政府取得的搬迁补偿收入或处置相关资产而取得的收入，以及通过市场（招标、拍卖、挂牌等形式）取得的土地使用权转让收入。
文件规定，企业根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，用企业搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权（以下简称重置固定资产），或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。
另外文件还对搬迁涉及的其他情况做出税务规定。
三、征管方面
（一）明确合伙企业缴纳所得税 按四项标准确认应纳税所得额
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和《中华人民共和国个人所得税法》有关规定，财政部、国家税务总局发布《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（以下简称《通知》）（财税[2008]159号），对合伙企业的合伙人如何缴纳所得税问题进行了明确，并自2008年1月1起实施。
《通知》明确，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）及《财政部国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）的有关规定执行。
那么，合伙企业的合伙人如何确定自身的应纳税所得额呢？对此，通知明确，应该按四项标准来确定：一是合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。二是合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。三是协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。四是无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
通知同时也提醒，合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
（二）新增企业所得税征管范围调整
国家税务总局日前发出通知，自2009年1月1日起，对2009年以后新增企业的所得税征管范围进行调整。从2009年起，新增企业所得税纳税人中，应缴纳增值税的企业，其企业所得税由国税局管理；应缴纳营业税的企业，其企业所得税由地税局管理。通知明确，以2008年为基年，2008年底之前国税局、地税局各自管理的企业所得税纳税人不作调整。
通知规定，从2009年起，下列新增企业的所得税征管范围实行以下规定：企业所得税全额为中央收入的企业和在国税局缴纳营业税的企业，其企业所得税由国税局管理。银行（信用社）、保险公司的企业所得税由国税局管理，除上述规定外的其他各类金融企业的企业所得税由地税局管理。外商投资企业和外国企业常驻代表机构的企业所得税仍由国税局管理。
通知还对若干具体问题作出了规定，如2008年底之前已成立跨区经营汇总纳税企业，从2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致；从2009年起新增跨区经营汇总纳税企业，总机构按基本规定确定的原则划分征管归属，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门相一致。按税法规定免缴流转税的企业，按其免缴的流转税税种确定企业所得税征管归属；既不缴纳增值税，也不缴纳营业税的企业，其企业所得税暂由地税局管理。既缴纳增值税又缴纳营业税的企业，原则上按照其税务登记时自行申报的主营业务应缴纳的流转税税种确定征管归属；企业税务登记时无法确定主营业务的，一般以工商登记注明的第一项业务为准；一经确定，原则上不再调整。